la sécurité et la qualité de l'alimentation,
- la promotion et les échanges au sein de l'Union européenne et à l'international,
- la formation agricole et l'emploi en milieu rural,
- le développement et l'aménagement des territoires ruraux,
- la qualité et la disponibilité de l'eau,
- la préservation de l'environnement et la gestion des espaces naturels,
- la protection sociale agricole et la législation du travail agricole.
Certaines de ses missions sont exercées de manière déconcentrée par les Directions régionales de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Forêt, les Directions de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt en départements et régions d'outre-mer, les directions départementales des territoires, et les services vétérinaires des directions départementales de la protection des populations ou directions départementales de la cohésion sociale et de la protection des populations.
Il délivre les demandes de subventions et les autorisations pour la pêche, et arrête les dates d’ouverture.
Le ministère comporte 40 000 agents répartis sur l'ensemble du territoire français, dont plus de la moitié (21 000) exercent leurs missions dans l'enseignement agricole.